Pro, последовательность такая:
1. Создаете в любом месте каталог проекта.
2. Внутри каталога даете команду git init. Это добавит .git. В нем и содержится на системном уровне вся инфа версионности и прочее.
3. Создаете файлы или копируете их в созданный каталог проекта.
4. Добавляете нужные файлы под версионный контроль - git add .
5. Фиксируете состояние изменений git commit -am "добавлена моя супер фича"
6. Если работаете с удаленным сервером, отправляете изменения git push origin master
А потом правите код и повторяете шаги 4,5,6 и так по кругу.