Кстати, по следам вышенаписанного. Когда betcher предложил использовать pfsinstall (pfsextract -i), как решение горячего подключения overlay, то оказалось, что последующий pfsuninstall удалял лишнее.
Может есть возможность доработать? Там основное, имхо, при pfsinstall (pfsextract -i) не должны копироваться файлы и папки, которые уже есть в системе.
upd. Добавил в скобках pfsextract -i, вроде теперь нет pfsinstall.