На днях ловил похожее с systemd-nspawn. Ошибки совершенно не понятные. Например ls -la говорит, что скрипт исполняемый, а test -x говорит что нет. Или создаю в чруте пользователя, su user. А в ответ - нет прав на /bin/bash. Проверяю права - все в порядке. Меняю на 777, та же ошибка. Два дня убил.
В итоге заменил на обычный chroot и ошибки пропали.
З.Ы. Кстати, тоже косяк после обновления glibc появился, но не на хосте, а в той стстеме, что в чруте.
З.З.Ы. Еще подобные непонятки случаются из-за selinux. Ловил однажды. Перегружаешь с selinux=0 и все работает.