Вероятно, цепочка тут следующая:
Открытый файл вполне возможно удалить, это факт известный.
Удалиться-то он удалится, но все равно останется открытым и место занимать будет.
Обычно ничего страшного, фактическое удаление произойдет после закрытия, но тут вступает в силу очередной прикол. В pra, а скорее всего не только в нем, флешку с системой корректно размонтировать невозможно - все время будет занята. Происходит это потому, что корневая файловая система собрана из слоев, которые в свою очередь смонтированы. Чтобы все это корректно разобрать и размонтировать, нужно действовать в порядке, обратном сборке. И разобрать все это может только тот, кто собрал - initrd. Но при shutdown управление в initrd не передается, следовательно, смонтированные удаленные файлы так и не освобождаются и в результате так и остаются в якобы открытом состоянии.
Вообще, по логике вещей, если корневая ФС собирается, то должна в конце и разбираться. Но насколько это реально, моих познаний не хватает. Возможно ли в принципе при разгрузке системы вернуться обратно в скрипт initrd?