Не знаю, как на флешке, но именно так, как подсказывает RoDoN, у меня на HDD на разделе ext3 (sda8) стоит PRA. На NTFS (sda1) - все остальные версии Puppy. Только надо в корень (на первый раздел) нужен gldr из PRA.
Можно флешку разбить на разделы и прописать путь с учетом разметки разделов, но это уже геммор на любителя. Как плюс - не задеваешь ничего на первом разделе, минусы - не знаю, не пробовал. Пример во вложении