Как считать слои? 0. <changes> - это /dev/loop0 ?
Слои aufs c номерами loop устройств вообще-то не связаны.
Считаются с нуля - это самый верхний слой. Обычно на нем и находится RW changes.
Верхние слои перекрывают нижние.
Каждый слой aufs - это директория. Это может быть и просто директория с файлами, которая находится на каком-либо диске,
и пустая директория, на которую что-то смонтировано, в том числе смонтирован файл с образом файловой системы - в этом случае, действительно, монтирование идет через loop устройство, а может быть смонтирован tmpfs или раздел диска - тогда никакого loop не требуется.
loop устройства применяются только когда нужно файл превратить в блочное устройство - потому что монтирование предусмотрено только для блочных устройств.
А экзотику с вставкой во второй-третий слой через topaufslauer - это не я придумал. Это еще из puppy пришло, как раз для случаев наличия от нуля до нескольких сохраненок и необходимости подключения нового модуля под сохраненки, но поверх прочих модулей.