topaufslayer - мелкий скрипт, который на выходе должен выдавать номер слоя, который мы считаем верхним. Номер берет либо из /tmp/.topaufslayer, либо разбирая режимы PUPMODE. Какое число на выходе выдаст, тот слой pfsload и считает верхним. Ничего не выдаст - верхним считается слой 1.
Дефолт "ниже всего" нелогичен следующим:
Например, решил я подключить модуль с другим браузером. Подключается в верхний слой - /usr/local/bin/defaultbrowser вижу от нового модуля, что по мне и логично и правильно. А если в нижний - defaultbrowser останется от старого.
Да и обычная бытовая логика - что последнее сделали, то к нам и ближе, его и видим.