Смена тем работает нормально, туда лезть не надо. Если маленько подождете, то старые темы конвертну в новый формат.
То, что jwmthememaker теперь надо править согласен.
"Ломаемся" за 2.3.х думаю только потому, что автор jwm ушел в эту сторону и новые версии будут в том же духе.
Столкнулся с таким глюком, что если включить compton, то все в норме, кроме верхней панели jwm, см. картинки скрин1 - до, скрин2 - после.
UPD: С глюком верхней панели разобрался, оказывается после включения compton надо сделать рестарт JWM.