Вопрос решился, когда внес изменения в rc.sysinit, чтобы убрать двойное монтирование по этому рецепту
http://forum.puppyrus.org/index.php/topic,12727.msg69785.html#msg69785 и перепаковал pupm-218.pfs с заменой rc.sysinit.
Но, когда экспериментировал, то смотрел вывод команды losetup и сравнивал содержимое pup_ro1 и pup_rw с содержимым каталогов работающей системы.
1. До изменения rc.sysinit:
/dev/loop0: 0 /mnt/dev_save/pr-218-k346/pupm-218.pfs
/dev/loop1: 0 /mnt/dev_save/pr-218-k346/pupm_save-218.4fs
/dev/loop2: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/test-pfs-2-2.pfs
/dev/loop3: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/sys-info-0.6.pfs
/dev/loop4: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/pupm-218.pfs
/dev/loop5: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/mc-4.8.6-s2.pfs
/dev/loop6: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/Uvesa-pr218.pfs
/dev/loop7: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/Pfs-apps.pfs
2. После изменения:
/dev/loop0: 0 /mnt/dev_save/pr-218-k346/pupm-218-3.pfs
/dev/loop1: 0 /mnt/dev_save/pr-218-k346/pupm_save-218.4fs
/dev/loop2: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/test-pfs-2-2.pfs
/dev/loop3: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/sys-info-0.6.pfs
/dev/loop4: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/mc-4.8.6-s2.pfs
/dev/loop5: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/Uvesa-pr218.pfs
/dev/loop6: 0 /initrd/mnt/dev_save/pr-218-k346/Pfs-apps.pfs
обратил внимание, что оказывается все pfs-модули грузятся выше сохраненки, а значит, если в каком-нибудь *.pfs есть пользовательские настройки (напр., Opera), то изменения после перезагрузки сохраняются, но не подгружаются, а это имхо очень плохо.
З.Ы. Сейчас проверил, Opera грузится с дефолтными настройками, хотя в сохраненке др.данные.