У меня проблемы при работе pfsmerge.
при выполнении -clean слишком долго выполняет очистку (такое не всегда бывает, не на всех пакетах). Я ни разу не дождался окончания процесса, приходится прерывать. проблемные пакеты - 0rootfs (ну в нем каталогов много, с ним может и долго все) gtk+, PuppyRus-base-icons (ждал часа полтора пока обработает, не дождался)
А после того как прервешь, повторно команда уже не запускается т.к. Остаются смонтированы каталоги в /tmp и pfsmerge пишет что процесс уже идет.