например через терминал так, делаете в root папку например rr, ложите в нее необходимое дерево директорий, то есть в ннй жолжны быть например etc, usr, root и т.д, когда вы положили все необходимое в папку rr, открываете терминал и вводите mksquashfs rr rr.sfs, либо сразу так mksquashfs rr назовите_как_нужно.sfs,
ето в обычных puppy, в модульных же дистрах правый клик по rr и выбираете создать модуль