Если речь идет о Ivanna_XBMC, то вряд-ли новое окно перекроет окно самой XBMC
А в других случаях можно попробовать вариант с проверкой условия .
В .xinitrc есть строки
CURRENTWM="`cat /etc/windowmanager`"
в переменную CURRENTWM читается , что записано в /etc/windowmanager - обычно это название WM
Где-нибудь во второй части скрипта .xinitrc вставляете
if [ "$CURRENTWM" = "ваша WM" ];then
адрес программы, программа
fi
В delayedrun переменной дают имя
WINDOWMANAGER="`cat /etc/windowmanager`"
Поэтому проверка условия выглядит так
if [ "$WINDOWMANAGER" = "ваша WM" ];then
адрес программы, программа
fi