После обновлений попадаются проги, которые не пашут. После выявления таких они или убираются из репо (libc очень старый, python, qt4 ограничивают полет фантазии) или оперативно ремонтируются, ну или старая версия остается. Причем я не видел там багрепортов каких-то, просто на форуме сообщают и все.
И в коробочном варианте у мну как раз всегда все пашет.
По фичам там на самом деле все просто, все скриптовое. Все настраивается через гуи, но есть и консольные варианты. Есть довольно простая пересборка архива системы (фругал в итоге) со своими пакетами, самое простое: установить, удалить, добавить, настроить, собрать образ - готово.