Только не в mkpfs, а в pfsrebuild.
Есть еще вариант в pfsextract. Там есть ключ -i (install), все найденные по спискам файлы копируюся в корень. Можно сделать аналогичный ключ для запаковки в новый модуль. То есть типа такого:
pfsextract contaner.pfs pac1 pac2 -ключ -o newcontaner.pfs
То есть не дропаем пакет, а наоборот перечисляем те что нужны.
Если в pfsrebuild то получится что-то вроде такого:
pfsrebuild --filesfrom contaner.pfs --listfrom contaner.pfs --drop pack1,pack2 ./contaner.pfs
То есть указываем откуда брать файлы, откуда брать списки, какие списки дропнуть.
pfsrebuild --filesfrom rootfs --listfrom rootfs ./contaner.pfs
Это как сейчас работает. Только все это жестко вшито.
Ну или вариант последний - отдельный скрипт pfscut. Там все просто
pfscut contaner.pfs pack1 pack2
Этот вариант интересен тем, что можно допилить удаление отдельных файлов или папок, а не только списков целиком.