Что нового:
1) mksquashfs -e работает, но это тупик. Сохранять можно будет всё время по одному шаблону, иначе новый шаблон обрежет сохранённое по старому.
2) mount -t aufs прекрасно монтирует любые слои из bundles (live/memory/images в prar). Это очень хорошо для объединения модулей (возьмите на вооружение), но сохранёнка таким образом получается только полная, что тоже негоже.
3) Монтировать новый пустой newchanges aufs наотрез отказывается. Надо разбираться.