А вы не пробовали поэкспериментировать с параметром "own_window_type"? Помнится, в свое время под лубунтой у меня коньки корректно отображались только со значением override, сейчас в дебиане с опенбоксом- normal либо desktop. Если изменение только этого параметра ничего не дает, то я целиком меняю ту часть конфига, что отвечает за отрисовку окна коньков (все, что где-то когда-то заработало храню, как хомячок))). И еще один момент- частенько оказывается так, что результат при перезапуске коньков совсем не тот, что при перезагрузке системы...
На всякий случай, вот пару вариантов конфигов, попробуйте, чем черт не шутит:
use_xft yes
own_window yes
own_window_colour brown
own_window_transparent yes
own_window_type desktop
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager
double_buffer yes
use_spacer right
background no
update_interval 1
cpu_avg_samples 2
net_avg_samples 2
override_utf8_locale yes
double_buffer yes
no_buffers no
text_buffer_size 2048
imlib_cache_size 0
own_window yes
own_window_transparent yes
own_window_type desktop
#own_window_argb_visual yes
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager
border_inner_margin 0
border_outer_margin 0
background yes
update_interval 1
cpu_avg_samples 2
net_avg_samples 2
temperature_unit celsius
double_buffer yes
no_buffers yes
text_buffer_size 2048
gap_x 90
gap_y 80
minimum_size 190 600
maximum_width 600
own_window yes
own_window_type override
own_window_transparent yes
own_window_hints undecorate,sticky,skip_taskbar,skip_pager,below
border_inner_margin 0
border_outer_margin 0
alignment tr
draw_shades no
draw_outline no
draw_borders no
draw_graph_borders no
override_utf8_locale yes
use_xft yes
xftfont caviar dreams:size=8
xftalpha 0.5
uppercase no
Если не получится найти корректно работающий конфиг, то попытайтесь найти способ запускать программу, отвечающую за выбор обоев чуть позже, чем коньки. Просто у меня часто выходило наоборот- если коньки запускать без задержки, то прозрачность пропадала... А у вас вон как- коньки уже должны быть запущены, когда обоина загружается...
http://www.murga-linux.com/puppy/viewtopic.php?t=23280- старенькая уже тема, но там есть конфиги с нормально работающей прозрачностью в паппи.