ну тогда в desktopе команда неправильная ?
Кстати да, запускал в терминале командой
tamtam-app, поэтому не заметил.
Правильно будет так:
/usr/share/applications/tamtam-app.desktop
[Desktop Entry]
Name=TamTam
Comment=Общение без ограничений!
Exec=tamtam-app %U
Terminal=false
Type=Application
Icon=tamtam-app
StartupWMClass=TamTam
MimeType=x-scheme-handler/tamtam;x-scheme-handler/tt;
Categories=Utility;