Добавить в 001 списки gtk2 gtk3 qt4 mesa и т.п. (а их в отдельные модули) и везде эти списки вырезать
а если юзер вздумает по стандарту проги ставить? - apt (apt-get) в сохраненку ?
ПМ будет считать что, например qt4 в системе есть, а его на самом деле нет
сейчас вот с mesa точно такая ситуация