как вариант можно создать каждому подключаемому модулю проверку если ссылка есть её не трогать, если нет то создать но прежде записать в специальный (spec) файл, и удалять после перезагрузки эти символические ссылки соотносясь с этим файлом, либо по требованию, то есть создать полноценный менеджер символических ссылок который будет шариться по корневому как у себя дома. (мне от этой идее дурно становится...)
... и не зря дурно стало, в иследовательских целях написал скрипт, который неплохо это всё реализует, активирует модуль(пробрасывает символические ссылки во всю ширь, в корневом с проверками битая не битая ) и кроме этого все символические ссылки прописывает в спек с именем модуля, потом можно с помощью этого спек файла удалять эти ссылки то есть деактивировать модуль, ...но система ломается причем весьма быстро, некоторые пакеты запускаются, на некоторых ломается система. В общем молимся на aufs ,пока будут люди которые помнят как ядро компилить с его поддержкой всё будет , без него горячего подключения не видать ... я потому и перешел на appimage .
upd: Если кому нужно поглядеть для интереса, могу опубликовать, где-то даже жалко что не сработало, вернее срабатывает, но рушится система... идея интересная , но сама по себе неправильная.