Думаю, здесь не вина pfsrebuild. Скрипт start.sh находится в корне модуля и настроен на срабатывание при горячем подключении.
При обычной же загрузке системы, если эти start.sh присутствуют в нескольких модулях, они перекрывают друг друга. И здесь все будет зависеть от удачи, чей именно start.sh попадет в итоговый модуль, при запуске pfsrebuild.
Так что или править youtube-dl-update, чтобы проверялась запись sfs-get-dep python2 перед окончательной сборкой. Или переносить start.sh в какую-то именную папку для каждого модуля.
Ну, или не знаю, добавить в pfsrebuild ключик, где можно перечислить файлы, которые никогда не меняются, т.е. берутся как есть из bundles.