Расположение тут точно ни при чем. Скорее все же какие-то файлы, нужные для системы. Навскидку - .dbus/session-bus
UPD. Попробовал поудалять все из /mnt/live/memory/changes/home/live
Краха системы, правда, так и не добился
Но ругани много, xfce со своей панелью завязаны на каталог .local, хром потребовал .local/share, еще что-то в .config нужный файл не нашло и т.д.
Так что свалить систему таким образом, наверно, можно, все зависит от того, что запущено. Но вот считать ли это глюком...