Посмотрел инициализацию TinyCore, простая как лом, /init (sh) выделяет память и передаёт загрузку /sbin/init --> (busybox). Далее - /etc/init.d со скриптами запуска. Поиска файлов нет, путь жёстко задаётся установщиком в cmdline, другие опции загрузки - аналогично. Почти как у нас. Так как основа - busybox, напрашивается мысль выделить /bin и /sbin под busybox, и пусть там сидит, а /usr/{bin,lib,share} под модули, точнее ссылки на файлы модулей.
Стоит попробовать?