В дефолтном много "прибито гвоздями"
Насколько я вижу, выпилили только настраиваемые кнопки блока экрана и выхода их системы. И пару папок в меню перехода.
Если не секрет, что в этом не устраивает?
А нельзя чтобы кустом без доп. костылей обновлялось?
Это будет не совсем правильным решением, потому что в custom не все используют приложения и настройки (генерируемые). Кто-то просто пишет xml, который работает.
(т.е. все пункты меню у него написаны руками, а не через vala-panel-internal-). Для этих пользователей перегенерация custom menu - лишняя возможность утечек памяти.
Хотя можно опцию добавить, чтоб и при custom menu мониторило. Я подумаю об этом.
Как бы теперь этот скрипт в pacman засунуть, чтобывыполнялся посде установки-удаления...
Никак, потому что локация меню все же может быть разной. Хотя если куда-нить в /etc/xdg его положить - то можно.