Попробовал apt-get-ом выделить из базы python. Не совсем чисто, но получилось. Пришлось удалить несколько пустых каталогов.
Технология простая, сначала apt-get remove выбранный пакет, потом поиск "теней" (.wh.) в pup_rw и на оснве полученного списка переместить файлы в заранее приготовленный build-pack-dir из build-base-dir. Полученное запаковать в squashfs.