Обновил, добавил цвет цифр в ini-файле. Остальное пока лень, да и не понятно зачем в трей. На панели задач у меня сужаются кнопки по мере заполнения до ширины иконки, в итоге что эта иконка будет в трее, что на панели задач, не особо напрягает, а писать лишнее меню для трея и нагромождать функционалом трея, это вроде не та программ, которая будет постоянно висеть в трее и активно использоваться. И даже мешать на панели задач будет напоминая о наличии таймера. Закрывать в трей вынуждает делать выход через трей, уж лучше сворачивать в трей, а закрывать - завершать прогу.
Теперь в раскрывающемся списке появился пункт "Командная строка"
zenity --info --title=Тест --text=Тест—команды—удачно
то есть выполнится zenity с параметрами. Здесь может быть любой исполняемый файл и любая команда. Разделение проги от параметров происходит по первому пробелу. Если файл в папке /usr/bin/ то путь можно не указывать, если иной путь, то надо указать весь путь.
И есть идея, для команд например в строке допустить переменные %t %s %e, которые можно заменять на время таймера, начало и конец таймера. Вот только проблема, эти символы допускаются в путях, можно поломать путь, можно заменить на //t //s //e но опять же сомневаюсь в ссылках может быть такое, можно мудрёной комбинацией, например #%t%# или сделать флаг разрешающий обработку переменных вида %t %s %e, например var=1 тогда, если в ком строке они встретятся то будут заменены, это позволит например в уведомлении выводить даты таймера, а не просто выдать уведомление о сработке таймера.