А в какой программе лучше?
Консоль - всё наше.
В винде можно?
Вряд-ли.
... Но запаковать не смог.
Распаковать: unsquashfs <имя модуля>. Получится каталог squashfs-root.
Добавить (простой метод): cp -a /initrd/pup_rw/* squashfs-root/ (копируется много лишнего)
Добавить (строка из скрипта mksavesfs): cp -a $(ls -d /initrd/pup_rw/[!dimpstv]*) squashfs-root/
Переименовать старый модуль (иначе получится каша): mv <имя модуля> <имя модуля>~
Запаковать: mksquashfs squashfs-root/ <имя модуля>
После этого перезагружаетесь и смотрите, что получилось.