Набор утилит PFS был задуман не как дополнение, а как, пусть и не совсем полноценная, но замена пакетного менеджера.
Дистрибутив PuppyRus-XX.XX (не PRA) сделан именно так, других ПМ в нем нет.
Соответственно, ПМ "знает" какие пакеты подключены, а какие установлены прямо в корневую ФС.