Уже длительное время работаю с таким вариантом, что сохраненка - маленький файлик .pfs, где сохранены настройки и симлинки на раздел, где лежат профили браузеров, аськи, скайпа, виртуалбокс, wine, офиса, а так же симлинки на каталоги downloads, документы, видео и музыка. Мне так удобно, работаю так на трех машинах.
А теперь об initrd, должен сказать, что initrd от дяди Шурика грузит сохраненку не 090-*.pfs, который является не совсем сохраненкой, поскольку не перекрывает все загруженные модули, а save.sfs, который грузится выше всех и если я правильно понял копируется в pup_rw, т.е. в этом случае не страшно, если в каком-то из загруженных модулей окажутся каталоги home или root. По времени загрузки на своих ПК большой разницы между вариантом дяди Шурика и PRA не заметил, но и с секундомером не сидел )))