Это придется править скрипт смены темы JWM
чтобы менялась строка в /etc/xdg/templates/_root_.jwmrc на соответствующую
Сейчас ее наш скрипт меняет только в файле /root/.jwmrc
Я посмотрю скрипт от 4.2 версии, он там переписан весь, но суть думаю смогу ухватить,
напрямую скрипт из 4.2 нам нельзя брать его усложнили и добавили предпросмотр внешнего вида тем
я думаю для 3-4 тем можно и без предпросмотра, тема как правило выбирается не часто