Еще немного изменений. Зафиксил случай, когда в одном модуле в разных сабмодулях одинаковый файл записан.
В пра не перепроверил.
Осталось разобраться с путями до бандлов. У вас при загрузке и при горячем подключении в разные места монтируется. Это мешает. Не хотите при переходе на новые пфс-утилс сделать prefixmp=/mnt/live/memory/images/?
P.S. Надо будет попробовать бандлы из aufs-n брать.