Модули можно тематически группировать в один sfs - "Мультимедия", "Графика", "Офис" .....бла, бла, бла. Конфликт библиотек? Ну предполагается же, что sfs-ник собирается в той же среде, где и будет использован. Всех граблей не избежать, это не только в Паппи. Тем не менее, если сборкой будут заниматься более-менее опытные сборщики, косяки можно свести к минимуму.