Нужно не загружать в конвертер файлы из разных директорий, как в AviDemux, а указать основную директорию. Программа должна просканировать директории на наличие видео файлов, выполнить нужную операцию (по пункту 1 или 2) и сложить результаты в одну директорию. К сожалению, сложные скрипты не создавал (с проверкой поддиректорий, расширений видео файлов, конвертацией и размещением в одну директорию) никогда не создавал. А графического ничего нет? Если нет, то что лучше почитать по созданию скриптов?