Хотя я не спец. по AUFS, но в PuppyRus модули (и вообще любые ФС-в-файле с loop-устройством), как я помню, можно монтировать откуда угодно, хоть из того же AUFS-а.
Из AUFS-а нельзя монтировать только каталоги (методом pfsload /katalog). На вхождение каталога в дерево AUFS неплохо было бы сделать проверку.