IMHO.
Любой Pet-пакет установленный дважды перезаписывается поверх установленных до него файлов. Т.е. если установить один пакет два раза, то файлов на диске будет ровно столько, сколько будет после установки этого пакета единожды. А вот если пакет имеет ещё пост-установочный скрипт, то этот скрипт вполне может количество файлов, создаваемых непосредственно им, удвоить. Побочный эффект от этого заключается в том, что если один пакет установить дважды, а потом удалить один раз, то фактически файлов, которые прописываются в системе этим пакетом, более в системе не будет. Ещё один побочный эффект: если в двух разных пакетах есть одноимённые файлы (путь+имя), то после удаления одного из них эти файлы из системы будут удалены. Наблюдал это на пакете с драйверами от NVIDIA (брал на форуме) - после удаления пакета в системе исчезал файл xorgwizard.