Если будет использоваться сохраненка - тогда да, содержимое нового rc.local сохраниться и при следующей загрузке обработается. Если-же без сохраненки - то нет смысла менять его содержимое - после выключения все потеряется.
З.Ы. Пусть меня поправят опытные коллеги, но по-моему выражение "в нашем модуле мы будем монтировать наш переделанный rc.local например в /opt/rubo" некорректно. Внутрь модуля, в каталог, можно положить(поместить) файл, но никак не смонтировать