1. jwm вообще-то доделан, это тема не доделана.
2. ...оставить как есть и было, а новые темы пусть автора пилят так чтобы все работало
1. Честно говоря, не совсем понимаю о чем речь. Где и в чем тема не доделана для jwm?
2. Так пусть так и будет, только, снова таки, что конкретно не работает? Если настройки jwm2.3 идентичны 2.2, там все должно быть нормально.
Общий вывод:
1. Определиться с темой оформления на ближайший год, доделать основной 084-й, если еще есть что (в частности, нужна конкретика по jwm, что не так).
2. При надобности вносить изменения конфигов DE, WM в основной 084-й.
3. 084-е модули:
а) делать как и прежде, снабдив инструкцией о том, что настройки DE, WM, FM и тд будут изменены так-то (актуально для клавиатурных сокращений, контекстных меню FM, настроек программ).
б) делать без настроек, только с инструкцией, как настроить оформление и сохранить его (самое простое - настройка + сохраненка, можно расписать инструкцию по ручному сохранению настроек в модуль).