Попытаюсь резюмировать.
Берем мелкий трим и делаем из него функцию в pfs, которая принимает один аргумент путь до условного корня.
В mkpfs добавляем ключ -trim, при включении которого перед mksquashfs changes выполняется trim changes.
В chroot2pfs -trim для mkpfs включаем по умолчанию, с опцией --notrim отключаем.
Скрипт-шаблон из chroot2pfs удаляем.
Все так?