Есть мысль, предлагаю обмозговать.
У нас есть запуск команды, у нас есть запуск скрипта, у нас есть встроенный скрипт. Напрашивается промежуточный вариант между --script и --command. То есть встроенный скрипт копируется в чрут (как --script), после чего в него второй строкой после ша-банг вставляется команда которую мы передали chroot2pfs. То есть и выполнение команды и очистка чрута перед mkpfs. Должно быть удобно, не могу придумать как это должно включаться.