Еще раз повторяю: С запуском с CD не пробовал такое. Кстати, а куда именно выносите, на флэшку тоже? И откуда, собственно? Надеюсь, только из /root?
Не знаю, переношу (а не копирую) папку .opera, к примеру, в /home, а обратно сразу тяну папку оттуда обратно при нажатых Ctrl+Shift, и никаких проблем, ярлык стоит на месте, с точно таким именем. Проще, чем делать ссылку в /home, тащить ее в /root, потом переименовывать в родное имя, то бишь .opera.