В Puppy Linux 4.3.1 есть специальный скрипт для установки на флешку Menu -> Setup -> BootFlash install Puppy to USB. Выбрав метод ComboFormat, получите флешку:
- способную грузиться почти на любой машине (где BIOS видит её как hard/zip/floppy),
- автоматически разбитую на два раздела - системный ext2 размером 128Мб и Fat для данных и файлов сохранения размером размер флешки - 128Мб.