Поднимал вроде бы раньше этот вопрос. По идее sfs, и в частности, usoft-sfs должны подключаться поверх базы. Т.е. при совпадении имен файлов в базовом sfs и в модуле, мы должны видеть файл-тот, который в модуле. Но этого не происходит. А это нужно, например при подключении модуля с браузером (файл defaultbrowser) и при подключении некоторых других приложений в виде модулей (например, xfce что я делал, возможно установить только непосредственно в систему или в виде pet - должны переписаться кое какие файлы в /etc и /sbin)
Я просто не понял-баг ли это, или так и должно быть с целью безопасности системы