viber отлично работает в линукс как нативно в 64х, так и через вайн в 32х
также подобно viber есть еще с десяток приложений, но не все они имеют пк версию, только мобильные, но несколько приложений есть которые имеют также пк версию, но для линукса наверное нет, viber здесь лучше всех
а, еще в фейсбуке можно звонить, и веб версия скайпа здесь нервно курит в сторонке