Почему подключение выше должно быть стандартом так и не понял
Когда основным способом использования программ была установка PET - по умолчанию существующие в системе файлы заменялись файлами из пакета при его установке.
Но теперь основной способ использования программ - не установка PET, а
подключение PFS.
Во время разработки спецификации PFS (и чуть раньше) было обсуждение, в котором было принято решение что по умолчанию (по левому клику) PFS-файлы должны монтироваться в верхний слой.
Сейчас
в процессе работы системы PFS-файлы практически всегда монтируются в верхний слой. Это является стандартным поведением.
По возможности нужно свести к минимуму разницу между работой с
постоянно подключёнными и
временно подключёнными модулями.
Если при горячем подключении все PFS-файлы по умолчанию подключаются выше базы - то и при загрузке (по умолчанию) система должна работать так же.