Набор файлов правильный, только Puppy староват уже, но это не суть важно.
Если препятствие действительно NTFS, то можно поставить опыт, скопировать всю директорию puppyrus со всем содержимым на флешку и запуститься оттуда. Для этого меняем в menu.lst root (hd0,0) на (hd1.0) если конечно у вас один жёсткий диск, если два, то (hd2,0). Думаю, что вы уже поняли, что GRUB начинает счёт не с единицы а с нуля. В строке kernel в конце можно дописать pmedia=usbflash