эти репозитории - полные копии оригинала
Нет, не полные копии. Где, например, неактуальные ветки
gh-pages и
testing?
И самое главное, почему в cli при нажатии на [History] у любого скрипта я не вижу
старых коммитов, а только новые?
с объединением ветки develop в master
Этого не нужно было делать, не нужно было и создавать каталоги (*cli и *gui), внесли путаницу.
То есть проекты cli и gui для внутреннего потребления.
Вот это однозначно плохо! Поверьте, мы на проекте PuppyRus уже это проходили.
Так делать не надо. Только логичная и открытая организация ресурсов проекта!
В Git я не спец., возможно поэтому не понимаю, что такое модули и подмодули, и зачем они?
Моя идея заключалась в том, чтобы сделать GUI отдельным проектом / репозиторием.
Такая организация проектов часто встречается и понятна кому угодно без объяснений.
А что предлагаете Вы и, самое главное, чем это лучше?!