изменить систему запуска весьма проблематично
Не особо, но не всегда оправдано. Как в этом случае
Почему вы не пойдёте моим путём, сделать лёгкую "запускалку" и навешивать не неё любые модули?
Потому что уйдет возможность создания модуля из пакетов и простого обновления базы
Уже не раз обсуждали - не вывезти нам компиляцию и поддержку полностью своего дистра
ПМ донорского дистра в качестве основы - средний вариант
В остальном ДДР так и сделан:
Запускалка - из донора. Модули - портированные универсальные. Возможность простой сборки чего угодно apt2sfs