Не заходил на форум несколько дней, а тут такая активность.
Обязательно посмотрю, что сделано на Git-е и напишу в теме.
А сейчас - кратко по обсуждаемым пунктам:
По изначальной идее "составной" или "многопакетный" pfs ничем не отличается от обычного. Это такой же контейнер, но внутри которого находится только один пакет.
Разделение GUI и консольных скриптов - в принципе поддерживаю. У меня была мысль разделить pfs-utils на два проекта, один - консольный и универсальный, а второй - GUI и под конкретный дистрибутив. Именно в целях достижения полной универсальности я написал "подпорки" для busybox mount и losetup (можно сделать то же и для disktype).
Поддержка "/etc/initvars" была добавлена в pfs-utils этим коммитом (но тестировался код недостаточно):
https://github.com/pfs-utils/pfs-utils/commit/7bccdfbbe28b45599d6525bb7d6c9d1d945e6204