При первом запуске получил такой экран:
Рестарт IceWM ничего не дает, только рестарт иксов, тогда все становится нормальным.
Посмотрел, а оказывается fixmenus при старте выполняется дважды, первый раз в /root/.xinitrc, а потом второй раз в /root/Startup/sfs_all_off, так вот, если в /root/.xinitrc закомментировать fixmenus, то черного прямоугольника в левом верхнем углу не будет.
З.Ы. Возможно, что данная проблема проявляется только на слабых машинах, пока тестировал только на нетбуке, завтра гляну на стационаре, который значительно мощнее.