Действительно, суть одна, оболочки разные. По поводу ffmpeg в Паппирус-2... Ну, попробуйте в любой из оболочек или вообще без нее с помощью его (PR-2) ffmpeg что либо сконвертить.
ffmpeg -i av007.avi -vcodec mpeg2video -b 5000k -g 12 -bf 2 -b_strategy 1 -acodec mp2 -ab 48000 -f vob output.mpg
ffmpeg -i av007.avi -ar 22050 -ab 32 -f flv -s 320x240 video.flv
ffmpeg -f x11grab -r 25 -s 1280x1024 -i :0.0 -f flv -s 320x240 video.flv
ffmpeg -r 60 -g 600 -s 1280x1024 -f x11grab -i :0.0 -vcodec qtrle screencast.mov
ffmpeg -i av007.avi -target pal-dvd -aspect 4:3 -r 25 -sameq -b 5000k video.mpg
ffmpeg -i av007.avi -target pal-dvd -r 25 -s 720x576 -aspect 4:3 -b 5000k -g 12 -mbd rd -flags -mv0 output.mpeg
ffmpeg -i av007.avi -vcodec mpeg2video -s 720x576 -b 3000k -r 25 -aspect 4:3 -acodec mp2 -ar 48000 -ab 224k file.mpg
(это как примеры, вообще без оболчки. av007.avi заменить на ваш файл, в случае захвата экрана соответственно выставить не 1280х1024, а ваше разрешение)