Долгое время PRA был заточен под sfs, типа мне удобно и ладно.
Пользователям предлагалось ставить приложение через консольный pacman2pfs, далее искать полученную папку и упаковывать с mkpfs. Графический pacman2pfs.sh делал тоже самое. И только с недавних пор, через GUI, пользователь получает уже готовый модуль.
Поэтому-то и ставили пакеты через
pacman -S, а затем create-save-pfs. Так было проще. Как правильно было замечено, так делать неправильно,
но так делалось многими. Ставят (ставили) приложения или в модуль сохранения или в папку, не задумываясь их 'обмодулить'.